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　　一套完整的医院管理his系统，主要必须涵盖两个区块，一个是临床信息系统CIS（ClinicalInformationSystem）、另一个是医院管理信息系统HMIS（HospitalManagementInformationSystem）。早期的医院信息系统，大多仅着墨于临床信息系统，也就是主要范围在支持医院医护人员的临床动作、协助收集与处理病人的临床医疗信息，以及透过历史资讯提供医护人员大量临床医学知识，来增进医护人员的工作效率、辅助诊疗进行，与更精准地下达临床决策。

　　但这些临床信息系统，大多是跟随单项医疗作为所设计，举例来说：医嘱处理系统、临床照护系统、各种检查检验系统与药物谘询系统等等。这些系统通常十分分散，且绝大部分由不同的软件厂商进行开发，相互之间的信息无法支援传递。常常使得一个简单的工作，需要花费原本两倍以上时间来处理，进而影响终端使用者（也就是医护人员）的使用意愿，造成大量资源的浪费。

　　因此以一个完善的临床信息系统来说，如何去整合各项子系统之间的信息传递，快速地累积并丰富医疗资源信息，促使医护人员的工作效率与品质提升，为新一代临床信息系统的主要课题。

　　除了临床信息系统之外，医院管理信息系统的需求也日渐抬高。HMIS主要的目标，在于支持医院管理与事务处理工作，透过相关信息的收集与分析，辅助高层管理人员下达并执行决策，力求以最低的资源投入达成高的经济效益。目前最常见到的人事系统、财务系统、指标与评鉴系统等等，皆属于医院管理信息系统之范畴。

　　医院管理信息系统相较于临床信息系统，因为所牵涉到的工作人员较少，使用者的层级较高，所以比较起来所耗费的人力资源与成本，相对地较为低廉。有管理层面的作为，通常会直接影响医院营运发展，所能展现出来的实质效益较高，所以如果以投入与产出的考量点出发，绝大多数的医院决策者，均认为导入HMIS会比CIS，更直接、更明确，且更有系统性地得到回报。

　　但我们必须了解一点，HMIS与CIS不管在医院运营，亦或是一般医疗工作流程，实为无法区分之两个相互关联个体。以CIS来说，系统的出发点在于以病患为中心的相关临床医疗信息；而对于HMIS来说，工作实务面的信息收集，是管理系统资料分析的主要来源。因此CIS与HMIS的相互搭配，会使得彼此之间的工作效率与准确度大为提升。

　　现今有许多的大型系统厂商相继投入开发HIS系统这个领域，例如：IBM、微软、Novell等等，但这些公司都面临到一些相同的问题点：

　　1.软件公司缺乏医疗相关管理与实务经验，医院方面缺乏计算机专业人才，因此导致无法将医院实质需求，转换为确切的开发目标。常常沦落至为了临时需求而开需求，系统项目越来越多，迷失原先系统所欲达成之目标。

　　2.相同需求或相同项目重复进行开发，这个问题点主要在于：不同的使用者单位，其管理方式有决定性上的差异，而使得已开发之软件无法通用，必须重复耗费巨额的开发成本。

　　3.HIS管理软件与其他的MIS管理软件不同，并无任何统一的运行标准，也无业界统一较为高水平之指标项目，因此想单以一个成功桉例来进行推广起来较为困难。