按照传统的做法，仓库都由财务部管理，而且目前大部分的企业也是将仓库归属财务部管理。但是，目前也有一部分企业将仓库归属销售部、或采购部、或生产部管理，有的企业规模大了，还成立物流部门，由物流部门负责管理。仓库归属哪个部门管理并非重要，重要的是由哪部门管理更适合做好仓库工作。

仓库的工作主要是做账（包括进出单据的开具和管理）、收发物资和物资堆放管理等。仓库做账与财务部门息息相关，而仓库收发物资与财务部、销售部、采购部、生产部等各相关部门都息息相关。但重点是与财务部工作关系密切。如：收发物资，对各相关部门来讲，只要各相关部门按规定开出单据，仓管员就收发物资，但对财务部门来讲，必须审核和督导仓管员在确保单据填写规范才能收发物资，督导按时传递单据，督导报表编制和传递（需要与财务核对），以及对账等。
仓库如果不是归属财务部门管理，那么必须掌握一个原则，即做账必须服从财务部门的管理和指导，财务部门对仓管员有人事管理否定权。否则，对财务管理相当不利。